...

суббота, 29 августа 2015 г.

Визуализация кристаллических 3d-структур в браузере без плагинов

Привет, Хабр! В этой статье я сравню четыре открытых движка визуализации кристаллических структур в формате CIF (Crystallographic Information File), популярном в кристаллохимии и материаловедении. Речь пойдёт о современном JavaScript (включая транскомпиляцию Java и C в JavaScript), о кристаллохимии и физике твёрдого тела. Мы телепортируемся из мира Шрёдингера и Ландау в мир Бернерса-Ли и Джобса, а затем обратно. Итак, поехали.

Water adsorption on perovskite surface

Из школьного курса физики известно, что атомы в твёрдом теле упорядочены в периодически повторяющиеся структурные единицы размером порядка нанометра, образующие кристаллическую решётку. Физика твёрдого тела в духе редукционизма изучает связь между свойствами этих структурных единиц (элементарных ячеек) и свойствами объектов макромира. Например, контролируя адсорбцию молекул воды на поверхности оксидов переходных металлов, можно удешевить синтез водорода и кислорода, улучшить производительность топливных ячеек и сенсорных приборов, оптимизировать доставку лекарств в фармакологии. Короче говоря, физика твёрдого тела так или иначе описывает любой лабораторный или технологический процесс, и здесь значение молекулярной визуализации переоценить крайне сложно. Де-факто в материаловедении самым распространённым компьютерным форматом для обмена данными о кристаллических структурах является CIF. Важным отличием CIF от других химических форматов является поддержка 3d-трансляций, иными словами, для задания бесконечного 3d-кристалла мы повторяем в трёх направлениях его элементарную ячейку.

CIF создан в 90-х в международным союзом кристаллографии (IUCR). Основу CIF составляет текстовый контейнер под названием STAR (Self-Defining Text Archive and Retrieval), где физические свойства, полученные в результате дифрактометрии или теоретических расчётов, маркируются стандартными тэгами. Стандартные тэги определяют параметры кристаллической ячейки, её симметрию, входящие в её состав атомы, метаданные соответствующей научной публикации и прочее. Эти тэги задаются во внешних CIF-словарях, подобных XSD-схемам XML-документов, так что возможна валидация CIF-документа по CIF-словарю и даже вывод новых физических свойств на основе доступных. Отличия в том, что CIF разрешает произвольные тэги, которые игнорируются CIF-парсером (разумеется, позже они могут стать частью стандарта и быть включены в новые словари по решению союза IUCR). Кроме того, CIF поддерживает реляционную модель данных, когда, например, можно ссылаться на определённые атомы в кристаллической структуре по их идентификаторам. Недостаток в отсутствии удобной поддержки многоуровневых иерархий, здесь STAR-контейнер проигрывает XML. Кстати говоря, именно поэтому у CIF существует XML конкурент под названием CML (Chemical Markup Language).

Традиционно CIF-файлы открываются в десктопных приложениях (Vesta, Accelrys/BIOVIA, RasMol и многие другие), однако и в этой области около четырёх лет назад браузеры начали свой крестовый поход против десктопных приложений. Известные мне open source плоды этого похода собраны ниже, а их код в виде единого веб-приложения можно найти в репозитории. Код тестировался в нескольких популярных браузерах, включая IE 11 и мобильный Safari. Структура репозитория следующая: папка data содержит примеры CIF-моделей (если вы когда-либо имели дело с кристаллохимией или материаловедением, у вас наверняка найдутся свои), папка engines содержит JavaScript код всех движков, utils содержит вспомогательный код, например, браузерный загрузчик файлов для локальной обработки CIF-моделей. Таким образом, для запуска веб-приложения достаточно открыть его папку для веб-сервера и зайти в браузере на соответствующий адрес (или просто перейти в репозиторий). Все файлы статические, никакой серверной обработки не предусмотрено.

Коротко о четырёх моделях из папки data:

  • adsorption.cif — модель вышеупомянутой адсорбции воды на перовските, элементарная ячейка, по умолчанию загружается в каждый из движков,
  • fullerene.cifфуллерен C60,
  • lfp.cif — фосфат лития-железа LiFePO4, материал катода литий-ионной батареи. Обратите внимание на ион лития: он очень лёгкий и подвижный (а всё потому, что литий третий в таблице Менделеева). Третий электрон лития приходит или уходит во внешнюю цепь в результате разрядки или зарядки батареи, в то время как ион лития путешествует сквозь электролит.
  • mdma.cif — гидрохлорид 3,4-метилендиокси-N-метамфетамина. Его функциональные группы могут быть заменены с сохранением соответствующего эффекта, при этом образуется новое и поэтому легальное вещество. Именно в этом и состоит проблема синтетических аналогов.

Теперь, собственно, результаты сравнения движков.

Движок
Версия
Общий объём кода (в скобках GZip)
Технология отрисовки
Кастомизация
Лицензия
JSmol
14.2.15
2,1 MB (700 KB)
canvas
богатая, программно и в UI
LGPL
ChemDoodle Web Components
7.0.1
354 KB (121 KB)
WebGL
богатая, программно
GPL v3
RasmolJS

1,1 MB (462 KB)
canvas, SDL, asm.js
богатая, программно
GPL
Player.html
0.10
265 KB (83 KB)
canvas, Three.js
ограниченная, в UI
MIT

Решения на основе Java-апплетов, Flash- и прочих плагинов не рассматривал как тупиковую ветвь эволюции, только чистый (как принято выражаться, «ванильный») JavaScript. Впрочем, чистый JavaScript возможно синтезировать из множества других языков, первое и третье решение как раз и есть такие случаи.

JSmol получен из Java-кода Jmol с помощью инструмента Java2Script. Общий объём кода JSmol составляет 12,7 MB, части из которого загружаются по мере необходимости. В таблице выше приведён объём, требуемый для старта. Функционально этот движок полностью повторяет своего более известного Java-собрата, предоставляя самый богатый набор возможностей. Сравнение можно было бы здесь окончить, если бы не гигантский размер (и самый медленный старт) и издержки портирования инородного стека, в частности, уродливый и нечитаемый JavaScript.

ChemDoodle Web Components основан на проприетарном продукте. Это имеет достоинства (прекрасная документация, высокое качество как кода, так и продукта в целом) и недостатки (ограничения на использование, неотключаемая отправка сведений о пользователях). К недостаткам также можно отнести отсутствие поддержки canvas в пользу WebGL, а значит, неработоспособность на чуть устаревшем оборудовании. Если недостатки не представляют проблемы, этот движок можно назвать победителем.

RasmolJS получен из своего старшего C-собрата RasMol с помощью Emscripten. Британский хемоинформатик Ноэл О'Бойль портировал оригинальный графический функционал на библиотеку SDL, поддерживаемую Emscripten, в результате транскомпилированный JavaScript код осуществляет 3d-отрисовку в элементе canvas. Кроме того, код сгенерирован по стандарту asm.js, что в теории должно обеспечивать прирост производительности. На практике получился всё же довольно тяжеловесный и медлительный движок, к тому же лишённый ряда функций предыдущих участников.

Player.html написан мной с использованием Three.js и Math.js. Упор сделан на минимализм и быстроту, а также поддержку как можно более широкого ряда оборудования, так что движок работает даже на древних лэптопах. Разработка начата относительно недавно, поэтому функционал ещё очень беден. Любую критику ценю и жажду.

This entry passed through the Full-Text RSS service - if this is your content and you're reading it on someone else's site, please read the FAQ at http://ift.tt/jcXqJW.

Комментариев нет:

Отправить комментарий